La hermandad en su sentido de fraternidad, era el nombre que se daba en la edad media a las asociaciones de iniciativa local para garantizar la seguridad en el campo en periodo de agitación política o de otro tipo.

Unos cuantos municipios se asociaban para hacer respetar sus derechos e intereses y se comprometían a socorrerse mutuamente en caso de peligro. Se conoce, por ejemplo, la hermandad de Burgos, creada en 1315 durante el reinado de Alfonso XI para acabar con los salteadores de caminos. También la hermandad vieja de pastores y productores de miel de Toledo, Talavera y Ciudad Real, encargada de disuadir a los malhechores de las zonas montañosas; formada por un cierto número de cuadrillas que practicaban una justicia expeditiva.

Durante las guerras civiles de mediados del siglo XV las hermandades de este tipo habían propuesto sus servicios a Enrique IV para acabar con la insubordinación de una parte de la nobleza, por lo menos en dos ocasiones, en Fuensalida (1464) y en medina del campo (1467). En 1473 se hizo una nueva tentativa en Villascastín, pero el rey no tenía ninguna voluntad: no había querido aprovechar esos ofrecimientos. Se trataba, todavía, de iniciativas locales, sin intervención de la corona, encaminadas a garantizar la seguridad pública.

En 1386 las cortes de Segovia habían previsto un plan para cuadricular todo el territorio mediante una especie de guardia cívica mantenida por los municipios. No pasó de ser un plan.

Los reyes Católicos, más tarde, asumieron la idea y la llevaron a cabo, exponiendo unos argumentos muy sólidos. En líneas generales argumentaban que hacía diez años que reinaba la inseguridad en el país; los ladrones se apoderaban de los bienes, acometían asesinatos y la justica parecía impotente para encontrar a los criminales. Para acabar con esta situación, el mejor medio, era establecer una hermandad en la cual participaran todas las ciudades del reino. La corona adopta la iniciativa, y las cortes dan su acuerdo a la creación de una hermandad durante un periodo limitado: tres años. En adelante a las cortes no se les pedirá opinión y serán las juntas integradas por delegados de diversos municipios (presididas por hombres de confianza de los soberanos. Alfonso de Quintanilla y Juan de ortega) los que asuman esas competencias.

Primero se hace hincapié en el mantenimiento del orden. Cada localidad de más de treinta hogares designará cada 6 meses a dos magistrados, uno elegido entre los caballeros y otro entre los villanos, reclutará a sus expensas una cuadrilla encargada de perseguir a los delincuentes en un radio de cinco leguas y pasará después el relevo a la cuadrilla de la localidad más próxima. La Hermandad tiene competencia en los siguientes delitos: agresiones en caminos, robos, crímenes, agresiones, secuestros, incendios de casas, de viñedos o de cosechas, robo en descampado, es decir, en localidades de menos de cincuenta vecinos; esos mismos hechos cometidos en ciudades pero cuyo autor se ha dado a la fuga. Capturados los delincuentes, se les juzgará de modo sumarísimo; a quienes hayan cometido un robo por valor superior a quinientos maravedíes se les cortará un pie y por los asesinatos se pronunciará la sentencia de muerte que se ejecutará inmediatamente a campo raso y a flechazos.

La Hermandad se convertirá en una especie de guardia rural eficaz, practicando una justicia expeditiva, por ello no desagrada a quienes tiene la misión de proteger. Así, se le da rápidamente el calificativo de santa (no tiene carácter religioso): la Santa Hermandad.

Los Reyes católicos no pensaban en crear una simple policía rural, su ambición iba más allá; se trataba de establecer un ejército permanente. Así lo demuestra la organización y el presupuesto de la Hermandad. De hecho, a partir de junio de 1476 se invita a las ciudades participantes a realizar grandes esfuerzos para financiar el reclutamiento de un caballero por cada 100 hogares y de un hombre de armas por cada 150. Se constituyen ocho provincias autónomas: Burgos, Palencia, Segovia, Ávila, Valladolid, Zamora, León y Salamanca, cada una de ellas con su capitán, su secretario y sus tropas. Los delegados de estas ocho provincias forman el consejo de Hermandad, presidio por Lope de Ribas (obispo de Cartagena) y que cuenta también con un tesorero, Alfonso de Quintanilla, y un general en jefe que no es otro que Alfonso de Aragón (duque de Villahermosa), hermano bastardo del rey católico. Los soberanos tratan, pues, de reclutar un auténtico ejército, capaz de hacer que se respete al Estado en todo el territorio. El paso se da durante la Junta de Madrid (1480), donde se solicita el reclutamiento de una tropa autónoma y permanente de 200 hombres de armas. Incluso se sugiere crear una marina de guerra anexa a la Hermandad; la propia Isabel decide asignar a ese proyecto las contribuciones de las provincias marítimas (Galicia, Asturias, país vasco, zonas de Moguer y de palos). En definitiva, ese ejército servirá, durante la guerra civil, para reducir algunos opositores , y después también durante la guerra de Granada.

Esta organización precisa de un presupuesto que es alimentado vía impuestos (sisas) cada vez más gravoso y que es aplicado sobre todos los productos de consumo corriente, exceptuando la carne. Al principio todo el mundo está sometido a ese impuesto, pero después los hidalgos y el clero se hacen eximir de él.

Entre 1478 y 1498 las juntas se reúnen cada tres años y votan cada vez importantes contribuciones: 17, 800.000 maravedíes al año entre 1478 y 1485; de 32 millones a 34,5 millones entre 1485 y 1498, debido a la guerra de Granada. De hecho, la Hermandad permitió a los Reyes Católicos percibir impuestos directos sin tener que solicitar la autorización de las Cortes.

La institución limitada en un principio a castilla la Vieja, se extiende progresivamente a Toledo, Andalucía, el norte de la Península y todo el reino; se había presentado como algo provisional, pero la prorrogan las juntas que se reúnen cada tres años. Las ciudades representadas en las Cortes están descontentas porque se ven desposeídas de su atributo esencial: el voto de los impuestos extraordinarios. La nobleza se alarma al ver como el poder real se dota de un ejército permanente; hasta ese momento eran los propios nobles los que contaban con mayor número de tropas y por tanto tenían en sus manos el monopolio de la fuerza. El arzobispo Carrillo, el condestable de Castilla, el marqués de Villena, el duque de Medinasidonia, entre otros, protestan. Esa oposición acabará por terminar con la hermandad. Así, una vez finalizada la guerra de granada, se deja a la Hermandad en reserva. En 1498 se disuelven sus órganos nacionales de dirección y se dejan de cobrar las contribuciones de las que vivían; no se permite que permanezcan más que las cuadrillas locales, financiadas por los municipios, para la represión de la delincuencia en el ámbito rural.

Durante más de veinte años la Hermandad había aportado a la monarquía, en forma de impuestos directos, sumas considerables (sin contar con las Cortes) que una buena parte fue destinada a las operaciones militares para la reconquista de Granada.